記者１６日從臺灣當局法務行政主管部門獲悉，該部門１５日公布的初步偵查結果顯示，“廣大興２８號”漁船共遭射擊命中４５發，多數集中在４名船員躲藏的漁船左后側駕駛座下方機艙，證明菲律賓執法人員是持槍朝非武裝的漁船船員所在位置掃射，“有殺人故意”。
本月９日案發后，臺灣當局法務行政主管部門立即要求屏東地方檢察署指派專責檢察官領銜偵辦。截至目前，偵查所得證據顯示，６５歲的死者洪石成遭子彈從左頸打入身體，胸椎爆裂，大量出血死亡，死亡方式為“他殺”。從留在船上的７．６２毫米彈頭研判，兇槍是美制Ｍ１４步槍、Ｍ２４０及Ｍ６０機槍可能性較大。
此外，漁船外觀未發現有明顯撞擊痕跡，顯示其未曾沖撞菲公務船，排除漁船案發前撞擊菲船致菲方開槍防衛的可能。而“廣大興２８號”漁船的航程記錄器（ＶＤＲ）顯示，案發地點為東經１２２度５５分４１．３７秒、北緯１９度５９分４７．２７秒，漁船并未進入菲律賓領海。
為調查這起引發臺灣與菲律賓緊張局勢的重大事件，由臺灣當局法務行政主管部門、刑事警察局、“海巡署”、“漁業署”等單位人員組成的調查小組，１６日上午離臺前往菲律賓馬尼拉，參與案件調查。臺當局法務行政主管部門表示，希望菲律賓能將兇手交由臺灣追訴審判，或由菲律賓承諾依照該國法律嚴予追訴審判及執行，并要求菲律賓承諾賠償被害人損失。
