同所有美國人一樣，我們被教導說，美國向廣島和長崎投擲原子彈，是為了結束第二次世界大戰并拯救美國人和日本人的生命。但當時大多數美國高級將領所說的是另一種情況。
對結束戰爭無幫助
美國總統杜魯門指派的美國戰略轟炸調查小組1946年7月撰寫的關于空襲日本的調查報告指出：基于對所有事實的詳細調查以及幸存日本領導人的證詞，調查人員認為，即使不使用原子彈，或蘇聯沒有參戰，美國也沒有或打算制定進攻日本本土的計劃，日本也肯定會在1945年12月31日前、很可能在11月1日前投降。
時任盟軍最高指揮官、制定了二戰時期盟軍在歐洲和日本大多數軍事計劃的德懷特·艾森豪威爾將軍說：“日本人已經準備投降，沒必要用這種可怕的東西攻擊他們。”（1963年11月11日《新聞周刊》）
從1942年開始擔任美國海軍最高指揮官、實際上的首位參謀長聯席會議主席并參與美國二戰時期主要軍事決策的威廉·萊希將軍寫道：“我的觀點是，對廣島和長崎使用這種殘忍的武器，對我們的對日戰爭沒有實質性的幫助。未來爆發核戰爭的可能性令人恐懼。我自己的感覺是，作為第一個使用核武器的國家，我們采用了類似于中世紀野蠻人的道德標準。我并沒有被教導要以這種方式作戰，我們不能通過屠殺婦女和兒童獲取戰爭的勝利。”
道格拉斯·麥克阿瑟將軍對此表示贊成。麥克阿瑟認為在軍事上使用原子彈沒有任何道理。他說，如果美國像隨后所做的那樣，同意保留天皇制度，戰爭可能會提前幾周結束。
沒有必要針對城市
即使是支持使用核武器的軍官，也認為應當針對人煙稀少的地區或日本的軍事目標，而不是城市。
例如，美國原子能委員會主席劉易斯·斯特勞斯曾建議，以非致命的方式展示核武器，例如轟炸東京附近的一處森林，足以促使日本投降。
喬治·馬歇爾將軍也表示贊同。部分當代文獻顯示，馬歇爾認為，這類武器可以首先用于攻擊大型海軍設施等軍事目標，如果沒有取得完全的效果，可以考慮轟炸一系列大型制造業中心，并事先警告日本人我們打算摧毀這些地方。
在馬歇爾看來，關于使用原子彈的問題，主要集中在是否有必要針對民用目標，而非嚴格意義上的軍事目標。事實上，當時雖然城市中駐有日本軍隊，但廣島和長崎在美國作戰計劃制定者眼中沒有軍事價值，這也是此前兩座城市都沒有受到大規模轟炸的原因之一。
意在限制蘇聯擴張
如果使用原子彈不是結束戰爭或拯救生命的必要措施，那么為什么決定使用，尤其是在遭到這么多人反對的情況下？
有一種說法是，科學家們想試試他們的新玩具。然而，參與“曼哈頓計劃”的大多數科學家都反對對日本使用原子彈。對原子彈研制發揮重要作用的愛因斯坦（但他沒有直接參與“曼哈頓計劃”）說：絕大多數科學家反對倉促使用原子彈。他認為，使用原子彈是一個政治和外交決定，而不是軍事或科學決定。實際上，一些參與“曼哈頓計劃”的科學家1945年曾直接寫信給國防部長，試圖說服他不要使用原子彈。
對日本使用兩顆原子彈后，多名歷史學家指出，使用核武器的目的之一是向蘇聯展示新的大規模殺傷性武器。1945年8月，蘇聯和美國的關系已經嚴重惡化。杜魯門、斯大林和丘吉爾共同參加波茨坦會議后僅4天，美國就在廣島投下了原子彈。在這次會議上，美國人和蘇聯人互相指責和猜疑。蘇聯軍隊占領了東歐大部分地區。杜魯門及其顧問希望，美國對原子彈的壟斷能夠在與蘇聯的外交關系中發揮杠桿作用。照這樣說，對日本使用原子彈可以被視為打響了冷戰的第—槍。