中國水產研究院南海水產研究所研究員邱永松告訴《北京科技報》，港珠澳大橋建設之中和建成之后都會對中華白海豚的生態環境產生一些影響。在建設之中，人工填海、水下打樁等頻繁的海上施工就會干擾白海豚的正常生活。
“白海豚習慣在固定的水域生活，而由于該水域要施工，勢必會迫使其離開家園。那么，它們到了新的水域能否適應新的環境？能否找到足夠的食物？這些都將是嚴峻的問題。” 邱永松擔憂地說。同時，海上施工會產生一些海上垃圾，而這些海上垃圾會對水質產生污染，則使得白海豚更容易患病。
“更為重要的是白海豚是一種靠聲音進行回聲定位的動物，而海上施工的一些噪音以及海上作業會對白海豚的定位系統產生干擾，擱淺死亡的可能性大為增加。” 邱永松強調。比如：在挖海底隧道遇到礁石時，就要實施爆破。這種爆破就影響到白海豚的回聲定位系統，爆破嚴重的甚至還會炸死白海豚。香港曾經在建新機場的時候，就發生過白海豚曾因水下爆破而被炸死的事件。
大橋建成之后的影響雖然目前還無法預計，但是邱永松認為，新建大橋之后，被迫離家的海豚還能否回到最初的棲息地？大橋是否會阻斷珠江水域白海豚間的交流？橋上繁忙的交通是否會對白海豚產生危害？這些問題對白海豚的影響專家還不能確定。
而華南師范大學生命科學院教授江海聲告訴《北京科技報》，大橋建成之后運營過程中，橋上車輛行駛產生橋體震動的次聲波對白海豚回聲定位的影響是不可避免的，將成為一種“隱形的殺手”。
江海聲表示，動物都有躲避危害的能力，這座跨海大橋建成之后，橋下以及橋周圍一些水域也不再會有白海豚�？绾４髽驘o形中將珠江的水域分割，這也使得白海豚的棲息地逐漸的破碎化。
其實，有關方面在港珠澳大橋修建以前就考慮到給中華白海豚帶來的不利影響。
陳加林透露，港珠澳大橋施工方面有保護白海豚的具體措施。比如：對施工方打樁的音頻就做了一個限定。因為倘若打樁的音頻控制不好，白海豚一旦長時間經受這種音頻的干擾，其回聲定位系統就會出現紊亂，進而對其正常的生活產生影響，嚴重的還可能導致其擱淺死亡。
“不過，人們不用擔心，如果施工方能嚴格按照這一規定去執行，就不會對白海豚的生活產生影響。”陳加林說。
曾參與研討減少珠江生態影響相關議題的陳濤透露說，當時他們就提到，港珠澳大橋在填海建珠澳口岸人工島時，應保證在500米范圍內看不見白海豚才能施工。如果500米內看見了白海豚，那么就應該先驅趕之后才能施工。
“這一提議已經在大橋的可行性報告中有了明確的規定。”陳加林說，從今年的3月份，他們已開始對中華白海豚種群實施海上檢測項目。這樣做，一方面可以及時地監督海洋工程的施工情況，另一方面也可以及時調查中華白海豚的種群數量以及分布情況。通過今年的調查之后，他們會對中華白海豚的狀況有一個新的了解。
陳濤表示，對中華白海豚的保護也絕對不能掉以輕心。保護中華白海豚的工作應一直持續下去，而不能只在某個海域要進行海上工程時，才引起關注。
“香港在調查和統計中華白海豚的研究工作中就做得很好。他們每年都會進行中華白海豚的調查工作。而我們也許只有在一些水域進行海上工程時，才會去評估這一物種的數量、分布等。這樣極易造成物種統計數據出現斷代的現象，從而不利于對整個種群的研究工作。”陳濤說。