過去10年是我國科技創新能力飛速提升的10年，特別是國家中長期科技規劃綱要頒布實施以來，我國整體科技創新能力大幅提升，在科技資源投入、科研績效以及科技支撐經濟社會發展方面取得了巨大成就，科技發展實現了重要躍升。當前，我國科技創新面臨新形勢、新任務，既要抓住重大的發展機遇，也要應對復雜而嚴峻的挑戰。我們需要認真分析研判，采取切實有效的措施，積極應對挑戰，貫徹落實好創新驅動發展戰略的各項任務。
國家綜合創新能力建設進入攻堅階段，科技投入產出質量有待提升
運用指數評價方法對國家整體創新能力進行綜合測度和排位是國際上普遍采用的方法。世界經濟論壇《全球競爭力報告》顯示，中國的國家創新能力排名由2001年的世界第61位上升至2010年的第29位。歐洲工商管理學院和世界知識產權組織從2007年起發布的《全球創新指數報告》也顯示，2011年中國的排名是第29位。中國科學技術發展戰略研究院發布的《國家創新指數2011》報告顯示，在占世界研發經費支出98%的40個主要國家中，中國國家創新指數排名已經從2000年的第38位上升至2010年的第20位。上述研究雖結果有所差異，但基本結論一致，即過去10年間，中國的國家整體創新能力迅速增強，與創新型國家的差距正在縮小。
但是，《全球競爭力報告》顯示中國的創新能力世界排名由2009年的第28位下降至2010年的第29位；中國科學技術發展戰略研究院測算的國家創新指數中國排名在2009年也下降了1位。這種波動說明國家創新能力是在不斷變化的，如逆水行舟不進則退。國際金融危機之后，世界各國高度重視科技創新在經濟發展中的作用，我國更不能松懈。從創新投入看，“十一五”期間我國的R&D/GDP年均提高0.07個百分點，遠低于0.13的預期增速；從國際上看，歐盟（15國）用了28年的時間才從1.6%提高到2%�？梢�，我國邁進創新驅動經濟發展階段仍面臨巨大挑戰。
從創新人員投入看，我國面臨著深層次的人才結構問題。發達國家基本形成比較合理的人才結構體系，如美國30—50歲的人員約占其科學與工程領域就業人員的60%，30歲以下人員約占15%。而我國的科技人員隊伍是在1999年高校擴招以后迅速壯大起來的，科技人力資源總量中30歲以下的比重高達62%。在這種年輕人才占主體的情況下，人才培養和利用方式需要有別于發達國家并不斷調整和完善。
從科技產出看，雖然我國SCI論文數量已居世界第2位，但是論文被引次數僅居第8位，10年篇均被引用次數僅為5.87次，與世界平均10.57次相比還有較大差距。我國國內發明專利申請量和授權量早已超過許多發達國家，但是目前在我國的全部有效發明專利中，由國外企業持有的專利數量仍占一半；國內發明專利中近三分之一被“三資”企業所擁有；在國內發明專利申請和授權量最多的10家企業中，內資企業僅占一半。在為我國科技投入產出規模大幅攀升而歡呼之時，應該更加關注隱藏在這些科技統計指標里的結構性問題。因為改善科技投入產出的結構遠比擴大科技投入產出規模難得多。
企業創新能力總體偏低，學術研究體制機制尚不完善
近年來，企業在國家創新體系中的主體地位顯著增強，成為支撐中國研發投入快速增長的主要力量。開展R&D活動的規模以上工業企業超過3.7萬家，企業設立的研發機構數量達到3.13萬個。2011年企業R&D經費占全國R&D經費的75.7%。一批創新型企業脫穎而出，成為引領創新發展的行業龍頭。據英國商業、創新與技能部《R&D記分牌》提供的數據，2010年，中國已有華為、中興通信、比亞迪、中芯國際等20家企業躋身世界研發千強行列，上榜企業數量居各國（地區）第9位。