促使廠商停產的另一主要原因是：原料藥短缺。原料藥指用于生產各類制劑的原料藥物，是制劑中的有效成分，原料藥只有加工成為藥物制劑，才能成為可供臨床應用的醫藥。世貿天階制藥(江蘇)有限責任公司銷售部人員認為，正是因為原料藥價格一直上漲，該企業從今年初開始停產，如果原料藥價格下降，可能會繼續組織生產。
廣東華南藥業集團有限公司的情況也是一樣，該企業停產甲巰咪唑已經兩年。“有客戶問我們要這種藥，但因為買不到原料藥所以沒法生產。”公司一位袁姓經理告訴 《中國經濟周刊》。
國內僅有3家北京的企業具有生產甲巰咪唑原料藥的資格，分別是同濟達藥業、太洋藥業和北衛藥業。目前，除同濟達藥業答復《中國經濟周刊》“正在抓緊籌備原料藥，預計很快恢復生產”外，其他兩家均表示已經從幾年前不再生產原料藥。其中北衛藥業明確表示，是因為環保問題而停產兩年左右。
原料藥生產的上游屬于化工行業，容易因環保壓力而被迫停產。“比如你一個月生產了過多藥品品種以致排污過多，企業必然會按照利潤貢獻度來削減生產品種來減排，那甲巰咪唑恰好就因利潤低被削減。”某業內人士對《中國經濟周刊》談道。
此外，生產原料藥的企業需取得GMP認證，而這需要企業投入大量資金對廠房設施、生產環境等進行改造提升。而如果原料藥廠覺得生產上“不經濟”，5年認證期滿后可能就不再申請GMP認證。
廉價藥生產應獲扶持
“隨著各種費用的上漲，利潤薄導致各家廠商停產，國家應把那些療效好的廉價藥物作為公共產品，對生產廠商進行適當的補助扶持。”施秉銀告訴《中國經濟周刊》，“希望醫藥監管部門能夠把物美價廉的基本藥物保留下來，在按照市場的正確規律規范藥價的同時，多為老百姓解決看病問題。”
針對目前甲亢患者反映的缺藥問題，國家食品藥品監管總局7月3日通過新浪實名認證微博轉發消息稱：“國家衛計委近期會同國家食藥監總局、國家發改委等相關單位研究解決甲巰咪唑短缺問題，決定由北京藥監局牽頭落實原料供應與生產，預計10日內可向國內市場供應1800萬片(5mg)，20日內供應6000萬片以緩解臨床供需矛盾。”。
北京市藥監局對《中國經濟周刊》表示，已經在保質保量地加急生產，等藥品完成投放市場時會告訴公眾。
盡管如此，一些業內人士對于監管部門的遲緩反應并不滿意，“管理監管部門對市場流通的品種應該有很好了解，在他巴唑缺貨這么嚴重和大家呼吁這么久后才有行動。”有人士對《中國經濟周刊》抱怨說。
7月16日，燕京藥業有限公司生產部負責人對《中國經濟周刊》表示：該廠已經陸續生產成品，“原料藥由同濟達供應，同濟達會繼續做原料藥的業務，他巴唑上市只不過是一個時間問題”。