海南省農業廳接報后高度重視，11月2日和3日組織由中國熱帶農業科學院的9名專家組成的專家組，到東方現場調查。經專家調查分析認定，這些瓜農種植的西瓜種子有嚴重的質量問題。
專家組對在東方市種植的“臺灣新一號”無籽西瓜進行認真比對：認定瓜農使用的“臺灣新一號”無籽西瓜種子，如果和“新一號”無籽西瓜種子為同一品種，則判定“臺灣新一號”為假種子；如果“新一號”與“臺灣新一號”不是同一個品種，則判定“臺灣新一號”品種適應性差，不適合在海南推廣種植。
瓜農損失數千萬元
符敦新稱，每種植一畝西瓜，約需要6000元的成本，按照以往的收成，一畝西瓜產出一萬斤西瓜，每斤西瓜按一元錢計算，每畝西瓜的經濟收入在1萬元左右，但種子出問題讓這一切都化為烏有。全部瓜農直接經濟損失高達四千多萬元。
在專家認定問題出在西瓜種子上之后，種植受損的瓜農分頭找到嫁接育苗場老板，要求對他們的損失進行賠償。但部分育苗場老板卻不愿為此承擔責任，他們認為，該西瓜種子由福建一家種子公司提供，賠償也應該由種子公司進行。
在有關部門的協調下，提供種苗的福建廈門金博大種苗公司表示愿意按照1000元/畝的標準賠償受損農戶。育苗場老板也同意對瓜農進行相應的賠償，但不是現金方式，而是來年以種苗賠償。
但種植戶均認為損失過大，該賠償過低，不愿接受，而且部分瓜農經歷了此次波折后，再也沒有本錢種瓜，那么就無法得到種苗場的賠償，因此堅持要求現金賠償。于是，協商賠償一事被僵持下來。
據符敦新說，到目前為止，瓜農尚未拿到任何賠償。
省委書記震怒
11月18日，部分瓜農以西瓜協會的名義，將該情況反映給了海南省農業廳等有關部門。
海南省委書記衛留成在得知這些瓜農的遭遇后異常震怒，立即做出相應批示，要求有關部門盡快進行調查，還瓜農們一個公道。
隨后，海南省農業廳廳長肖杰指令該廳執法稽查處、種子辦等有關處室抽調人員組成案件督導組，會同工商等部門人員兵分三路趕赴東方、文昌等市縣進行調查。
11月24日下午，省農業廳執法稽查處有關人士告訴記者，目前調查尚未結束：“瓜農稱他們買到的是假種苗，目前還不能斷定真假的問題，因為專家的調查結果沒有出來。”該人士稱，根據專家意見，目前至少有一點是可以肯定的，“臺灣新一號”不適合在海南種植。
“現在事情涉及到3方面的責任：一是提供種苗的種子公司，這家種子公司是福建廈門的一家公司；二是嫁接育苗場方，他們是銷售方；另外就是農民自身的責任。”該人士表示，之前這些瓜農種植的是“新一號”，但未出現類似的情況。至于“臺灣新一號”與“新一號”是不是同一個品種，目前專家正在做相關的調查。
3400畝種植戶已簽賠償協議
11月24日下午，記者電話采訪了正在東方等市縣處理該事件的海南省農業廳執法稽查處林處長。林處長表示，目前對瓜農的賠償問題正在協商解決，大部分農戶已經與種子公司、育苗場方面達成了賠償協議。福建廈門金博大種苗公司支付的100多萬元補償款已經到位，下一步會逐步發放給受損瓜農。
林處長介紹稱，受損瓜地面積一共有4700畝左右，到目前為止，已經有3400畝的種植戶與提供種苗的種子公司、育苗場簽訂了協議，同意協商賠償。林處長表示，現在的賠償標準是，由提供該西瓜品種的種子公司向農戶進行1000元/畝的賠償，育苗場也按照1000元/畝的標準進行賠償，“一共有9個育苗場，各個育苗場對應各自的農戶，但不是現金賠償，而是來年用種苗的方式，進行沖抵。”