奔波多年的焦占軍開始陷入前所未有的孤立境地。這些年中，因多個官司在身，他每隔幾天就要被傳訊一次，家人終日惶惶不安；因偷稅案而引發的多個經濟糾紛案，債主們頻頻上門，打砸玻璃家具，甚至將其大兒子焦云峰多次打傷；而安國市的報紙、電視上，拍賣天元大酒店的信息時不時地播出。
2007年初的一天夜里，親人們圍聚在一起，勸說焦占軍放棄申訴。“所有人都說，你打不贏官司的。”他向記者回憶，當天晚上，他和所有家人都吵翻了，“那么多年了，我怎么可能放棄？”
他對在當中學老師的大兒子焦云峰有些失望，跑到他的住處質問他：“別人勸我放棄可以，你是我兒子，怎么可以這么沒骨氣？”兒子氣不過，把頭往墻上撞，以死相逼。
最終兒子難忍在安國所受屈辱，又難拗父親，帶著妻兒離開安國，從此再未與焦占軍有過任何聯絡，父子失散。家里的其他人也因難以忍受在安國終日不安的日子，全部搬至他處。
孤立無援的焦占軍繼續著他每年數十次往返石家莊、北京的上訪和申訴。終于在2007年10月，他等來了河北省高院駐保定信訪接待組，組長米振祥在看了相關材料后，調了安國法院辦案人員和主要領導至保定匯報案件進展。
當年11月，安國市法院終于作出了駁回申訴維持原判的通知書。焦占軍這才能申訴到保定市中院。2008年3月，保定中院再次作出駁回申訴的通知，焦占軍無奈又申訴到河北省高院。
2009年3月，河北省高院作出再審決定，指令保定中院另行組成合議庭對此案進行再審。6個月后，保定中院作出刑事裁定，撤銷原判，發回安國市法院重審。但安國市法院將案件退回中院。保定中院又將此案轉到離安國市200多公里的淶源縣法院再審。
2011年5月12日，淶源縣法院作出再審判決。判決書認為，安國市稅務局作出的處罰決定中并未體現大仁藥業的當期進項稅額，而是直接以少記銷售收入額乘以稅率確定的偷稅數額。大仁藥業借用外省戶頭購貨的17份增值稅專用發票的價、稅款，已由其在購貨時繳納，稅務機關以購貨單位名稱與大仁藥業不符為由，未抵扣這部分進項稅，是適用法律錯誤。
按照國家稅務總局1998年發布的66號文件規定，認定偷逃稅數額時，應當從增值稅繳納的特點出發，根據納稅人的實際繳稅情況，客觀計算因偷稅造成的國家稅款損失。大仁藥業借用外省戶頭購貨繳納了國家稅款，在計算其偷逃銷項增值稅數額時，應當減去進項稅額，其余為偷逃稅額。而本案中，大仁藥業雖然虛開增值稅發票，但經過計算得出，該公司當期應納稅額為負數，因此公訴機關指控焦占軍和閆亞平通過虛開增值稅發票偷稅，證據不足以認定大仁藥業、焦占軍和閆亞平偷逃增值稅。經過淶源縣法院審判委員會討論決定，判決大仁藥業、焦占軍和閆亞平無罪。
判決后，淶源縣檢察院認為法院認定事實不清、適用法律錯誤，向保定中院提出抗訴，又經過保定檢察院、安國檢察院、安國公安局、稅務局、法院聯合查證半年，最后保定檢察院認為抗訴不當，撤回抗訴。
2011年12月16日，保定中院終審裁定淶源縣法院的判決生效。至此，焦占軍終于洗脫偷稅罪名。
誰為他毀掉的人生埋單
除了親人離散、身體虛弱，在頭尾10年時間中，焦占軍苦心籌備的“金三角”項目流產；大仁藥業在安國市的制藥廠停工，員工流散；在北京的聯營健都制藥廠被出售；幾個倉庫中數百萬元的存藥也全部報廢……
而最讓焦占軍在意的是，評估價在3000余萬元的天元大酒樓，因為多個連鎖官司而至今被查封，甚至多次被拍賣。
其中一個最典型的官司是，焦占軍于2000年3月8日向龐某借款40萬元，協議約定“借期兩年，至2002年3月8日止，利息0.13%，以焦占軍本人的商業大樓擔保，到期若無力償還，大樓使用收費由龐某收取，直到收全本金及利息為止”。