中國職業聯賽在其短暫的歷史上，多次發生過有疑問的事件。新華社記者對這期間發生部分有疑問的事件進行了歸納整理。
1995年甲A聯賽——10月8日，在四川隊主場同延邊隊的比賽中，延邊隊認為主裁判“執法不公”，故意消極比賽，以0：6負于四川隊，中國足協通報批評延邊隊。
1998年甲A聯賽——“陸俊”、“萬達退出”。3月22日，在廣州松日主場和大連萬達隊的比賽后期，主裁判陸俊判罰的點球引起主隊不滿�！堆虺求w育》刊文稱陸俊收受巨額賄賂，從而引發陸俊等對該報的訴訟。9月27日，中國足協杯半決賽，大連萬達隊和遼寧隊比賽，萬達隊對主裁判俞元聰三個點球的判罰極度不滿，事后俞元聰遭足協內部禁賽一年，萬達也宣布退出了中國足壇。
1999年甲A聯賽——“渝沈疑案”。12月5日，在第二十六輪比賽中，瀕臨降級的沈陽海獅隊在最后時刻客場戰勝重慶隆鑫隊保級成功。廣大球迷及媒體對該場比賽中的一些不正�，F象強烈不滿，懷疑是假球。中國足協第一次派出專人赴兩地調查取證，最終無果。
2001年——“甲B五鼠”、“掃黑風暴”。當中國男足即將迎來世界杯十強賽的出線之戰(阿曼隊)時，甲B五隊為了最后一個沖A的名額，在最后兩輪連續出現“不正�，F象”：先是倒數第二輪的四川德比中，成都五牛隊以11：2擊敗四川綿陽隊，撈分、撈凈勝球；接著最后一輪，平分的成都五牛隊、長春亞泰隊力拼凈勝球，分別大比分戰勝江蘇舜天隊、杭州綠城隊。盡管長春笑到最后，但中國足協經過調查后做出了處罰決定，一律取消當事球隊升入甲A聯賽的資格。
隨后，浙江綠城、廣州吉利兩家俱樂部在2001年底一怒揭黑，將中國足球的黑暗面袒露在世人面前，“掃黑風暴”最終以司法介入、抓住一名黑裁判而暫時畫上句號。
2002年甲A聯賽——“黑哨龔建平案”。在社會各界的關注和推動下，打擊中國足壇“黑哨”行動取得重大進展。3月16日，國際級足球裁判龔建平被依法刑事拘留。4月17日，北京宣武區人民檢察院依法批準逮捕龔建平。2003年1月龔建平因犯受賄罪被判處有期徒刑10年。
2004年中超聯賽——“國安罷賽”、“周偉新”。10月2日，沈陽金德對北京國安，第80分鐘，周偉新判罰點球給金德，北京現代隊認為不公，拒絕比賽，這也成為中國頂級足球聯賽第一場沒有完成的比賽。此事還引發北京現代與大連實德等7家中超俱樂部就規范中超市場運作、凈化中超環境等問題上書中國足協，但最終不了了之。
2005年中超聯賽——“遲尚斌下課”、深足“球霸”。5月17日，深圳健力寶足球俱樂部決定，解除遲尚斌球隊主教練職務。在此前后，隊內不合、“球霸”橫行等負面傳聞不斷爆出。
2009年中甲聯賽——青島海利豐“吊射門”。9月在與四川西部智谷隊的比賽中，海利豐隊在3：0領先的情況下，有多名球員多次從中場附近直接把球吊向自家球門，公然打假球。隨后，中國足協在2010年2月23日宣布，取消海利豐注冊資格，罰款20萬人民幣。
2010年——中國足協重罰涉假三俱樂部、“打假反賭”風暴
中國足協紀律委員會2月23日公布了對在聯賽中有參與假球和賄賂行為的三支俱樂部的處罰決定，廣州醫藥、成都謝菲聯俱樂部受到降級處罰，而青島海利豐俱樂部則受到了被取消注冊資格的“極刑”。
同時，從2009年年末，2010年年初起，“打假反賭”風暴開始掃蕩中國足壇，黑哨、官哨、腐敗、受賄等足球黑幕被重重揭開，南勇、楊一民等前足協高官也相繼落網。 （中新網）