2001年，市委、市政府提出發展無公害農產品的戰略決策。王剛云帶領技術人員開展調研論證，制定了《商洛市無公害蔬菜實施方案》，并在商州抓千畝無公害蔬菜示范園，堅持深入示范區培訓指導，每周一次，風雨無阻。為了使菜農掌握黃瓜霜霉病、灰霉病的正確識別方法和黃板誘殺技術，年過半百的他在悶熱的大棚中邊操作邊講解，往往一干就是一晌，悶熱的大棚里蒸得人汗流浹背，但群眾不掌握技術，他便一遍一遍做示范。在他的努力下，我市相繼引進示范推廣高效低殘留農藥40多種，示范推廣物理誘殺技術、無公害栽培管理技術，農藥殘毒檢測監管技術等取得了顯著成效。2008年，全省百萬畝設施蔬菜工程啟動，王剛云帶領站上技術人員，在商州區大荊鎮孟村建立設施蔬菜基地示范200多畝，采取物理防治、生物防治等病蟲害綠色防控技術，取得了顯著的成效。截至目前，以帶動全市開發無公害農產品面積260萬畝，認定無公害生產基地162個，認證無公害農產品133個，使農藥殘毒超標率由2001年的23%下降到現在的4.6%，促進了本市無公害、綠色、有機農產品突破發展。
中藥材生產是商洛的支柱產業，但隨著種植面積的不斷擴大和種植年限的延長，藥材病蟲害已成為制約其發展的瓶頸。對此2006-2008年王剛云同志主持組織實施了《商洛市五大商藥主要病蟲害綠色防控技術與推廣》項目。他帶領技術人員深入各縣區開展了大量的調查和試驗研究，摸清了五大商藥主要病蟲害種類及發生規律，總結集成了中藥材主要病蟲害綠色防控技術，并在七縣區大面積示范推廣。三年來累計推廣57.8萬畝，新增總產值10963.74萬元，取得了顯著的經濟、社會和生態效益。
情系“三農”，為民排憂解難是他的情懷，默默奉獻、兢兢業業是他的作風，開拓創新推廣植保技術，為商洛農業發展保駕護航是他不懈的追求。