雖然高校博物館資源豐富，但是許多高校博物館在成立之初到如今，其作用也未能得到真正發揮。高校博物館門可羅雀，先不說有多少公眾知道哪些學校擁有博物館，就連本校的學生也不一定知道學校博物館在哪里。
在一些高校，雖然博物館館藏豐富，但宣傳不足。雖然部分學校也將參觀博物館作為新生入學的一項必要活動，但是由于高校博物館館藏陳舊、形式刻板，并不能引起廣大學生的興趣和注意，在走馬觀花般的參觀之后，隨即便將博物館拋之腦后，高校博物館也成了眾多在校生的“入學一日游”。然而，在一些學校，由于審批手續繁瑣或者其他原因，學校博物館干脆成了學校接待來訪專家學者、外校交流或者僅供科研的專用。在記者走訪的幾座高校中，還有更多的在校生連學校博物館的位置、開放時間、館藏文物等一概不知。
除了物不能盡其能之外，高校博物館目前還存在種種困難。比如，藏品征集困難、展品補充和更新緩慢等等。一般來講，高校博物館的展品補充比公立博物館和私立博物館更為困難。從創立來看，國內不少高校博物館都是從考古專業發展而來，在考古專業發掘研究的基礎之上，積累了大批的文物。同時藏品來源還有，征集、調撥等形式。然而目前，隨著古跡遭到不斷地破壞，和社會收藏熱的興起，公立博物館的藏品征集都愈來愈困難，更何況鮮為人知的高校博物館。也只能依靠小部分的捐贈，館藏才能得以更新。
此外，高校博物館管理機制和發展模式也比較落后，與外界聯系甚少，宣傳工作更是不多。同時，高校博物館也面臨著一個非常實際的問題，就是高校博物館不可能擁有像公立或者私立博物館一樣的接待能力，畢竟校園還是學生們學習和生活的地方。兩者之間的矛盾，也是高校博物館處于尷尬境地的原因之一。
不過，文物局和教育部也意識到了高校博物館的發展問題。
2011年，文物局和教育部發布通知要求加強高校博物館建設與發展，要將高校博物館納入國民經濟和社會發展規劃，納入高等教育事業發展規劃，納入博物館事業發展規劃。與此同時，一些高校博物館也開始了數字化的進程，紛紛在網上建立數字展廳，讓人們既可以欣賞到眾多的珍貴文物，也能夠不打擾學生們的校園生活。
雖然這樣的設想很好，并且也有一些知名院校的數字博物館陸續建成，但是如今不少大學的網頁中雖然添加了“數字博物館”一項，但是頁面依然處于“無法顯示”的狀態，高校博物館數字化建設虎頭蛇尾，并沒有起到應有的效果。（盛世收藏）